疾病監測組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (定點監視科)
(一) 傳染病學校監測通報系統開發、維護及分析整理事項。
(二) 傳染病定點醫師監測系統開發、維護及分析整理事項。
(三) 傳染病實驗室檢驗監測系統開發、維護及分析整理事項。
(四) 傳染病人口密集機構監測通報系統開發、維護及分析整理事項。
(五) 傳染病定點監視相關系統之研發與評估。
(六) 其他有關傳染病監測通報、資料蒐集事項。
(七) 編輯與發行「定醫監視週報」、「學校監視週報」。
二、第二科： (法定傳染病監視科)
(一) 法定傳染病監測通報系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(二) 症候群監測通報系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(三) 主動監測通報系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(四) 傳染病疫情地理資訊系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(五) 傳染病田野疫調系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(六) 傳染病疫情看板及即時系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(七) 協助急診室監測系統之開發、維護管理及分析整理事項。
(八) 協助疫情指揮中心之規劃與系統開發、維護管理及分析整理事項。
(九) 傳染病非定點監視相關系統之研發與評估。
(十) 疫情解析、研判、資料蒐集及其他有關法定傳染病監測事項。
三、第三科： (國際疫情科)
(一) 國際疫情之蒐集、分析及整理事項。
(二) 傳染病統計暨監視年報之整理、彙編及印製事項。
(三) 疫情報導之整理、彙編及印製事項。
(四) 疫情通報及民眾諮詢服務中心之管理及維護事項。
(五) 無線電通訊之業務推廣及訓練事項。
(六) 疫情防治會議之召集及聯繫事項。
(七) 嚴重急性呼吸道症候群病例審查事項。
(八) 其他有關國際疫情事項。