愛滋病組分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科： (政策科)
(一) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病防治和營業衛生管理政策之規
劃與督導事項。
(二) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病和營業衛生管理計畫之擬定、
預算編列、推動與檢討評估事項。
(三) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病和營業衛生管理之相關研究發
展之規劃事項。
(四) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病個案追蹤調查及突發流行事件
之防治處理。
(五) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病常規防治動員之標準作業指引
(guideline) 建立及演習規劃事宜。
(六) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病國內外疫情與流行資料之蒐集
事項。
(七) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病和營業衛生管理法令之研訂事
項。
(八) 其他臨時交辦事項。
二、第二科： (衛教科)
(一) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病防治和營業衛生管理宣導政策
之規劃與督導事項
(二) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病防治和營業衛生管理宣導企劃
、執行與檢討評估事項。
(三) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病防治和營業衛生管理教育訓練
與專業研討事項。
(四) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病和營業衛生管理之新聞稿撰寫
事項。
(五) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病個案通報資料分析與疫情研判
事項。
(六) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病之監視資料表報整理及資料庫
維護與管理。
(七) 愛滋病、梅毒、淋病、其他性傳染病流行病學研究協助事項。
(八) 其他臨時交辦事項。